哥斯拉破壞日本多年，〈G對策總部〉發明黑洞炮對付。但實驗出意外，引來古代巨大昆蟲超翔龍重現，並攻擊哥斯拉。日本成了哥斯拉、超翔龍及人類三方的戰場。